Fue fundada en noviembre de 1705 por el padre Juan Maria Basaldúa. Se localiza a ciento diecisiete kilómetros al noreste de la misión de Nuestra Señora de Loreto en la costa del Golfo de California, el sitio en donde se localiza fue explorado por primera vez por el Padre Juan María Salvatierra en 1701 durante el regreso de un viaje al río Yaqui en Sonora.
Descripción de la misión: Es de planta rectangular, con cubierta de bóveda de cañón corrido, sus muros son de mampostería de piedra aparente y la bóveda es de piedra.
El cultivo de uvas, algodón y dátiles fue iniciado en el arroyo de Mulegé y, en 1766, el Padre Francisco Escalante comenzó la construcción de una iglesia de piedra.
Las visitas de las rancherías de San Luis, Santa Lucia, Santísima Trinidad, San Patricio, San Marcos y otras más fueron incorporadas a la misión, cuya población indígena se calculó en 300 habitantes en 1745 y con el paso del tiempo comenzó a disminuir debido a la epidemia de la peste, quedando solamente 90 habitantes para 1800, así mismo causó la enfermedad del Padre Basaldúa quien se vio forzado a retirarse de la Baja California.
En 1771 una inundación redujo la población de tal manera que el padre presidente Fray Francisco Palóu consideró el traslado de la misión San José de Magdalena. Tras su completo abandono en 1828 quedó en ruinas y ha sido restaurada en varias ocasiones, la más reciente por el INAH en 1972-1973 conservando sus características arquitectónicas exteriores, pero no interiores.
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Obras consultadas
- Hinojosa, Salvador. 1986. La arquitectura misional en Baja California Sur. La Paz, Baja California Sur, Gobierno del estado de Baja California Sur, 68.
- Mathes, Michael. 1997. Las misiones de Baja California. La Paz Baja California Sur, Editorial Aristos, 65.
- Meza Uribe, Bianka. 2016. Modelo sustentable para la conservación de los templos misionales jesuitas de Baja California Sur. Puebla, Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, 94.