Al frente de la Secretaría estará el Secretario del Despacho, quien para el desahogo de los asuntos de su competencia se auxiliará de las siguientes Subsecretarías, quienes tendrán Direcciones que dependerán jerárquicamente de cada una:
Subsecretaría de Turismo
Dirección de Planeación Turística
Dirección de Promoción Turística
Dirección de Capacitación y Cultura Turística
Subsecretaría de Economía
Dirección de Desarrollo Económico
Dirección de Informática y Estadística
Dirección de Regulación de Agentes Inmobiliarios
Unidades Administrativas adscritas directamente al Secretario
Dirección de Administración
Coordinación de Archivos
Dirección Jurídica y de Transparencia
Dirección de Seguimiento a Acciones Prioritarias
Coordinación de Comunicación Social
Estará bajo su coordinación sectorial, la entidad paraestatal
Administración Portuaria Integral de Baja California Sur, S.A. de C.V.