Durante 1723 Todos Santos fue un pueblo de visita. Dependiente de la misión de Nuestra Señora del Pilar. En 1725 el padre Lorenzo Carranco estableció su residencia en el actual pueblo mágico, permaneciendo allí un año.
Para 1733, gracias a la donación del marqués de Villapuente para la fundación de una misión en honor a su cuñada Doña Rosa de la peña, la visita fue elevada al estado de misión bajo el padre Segismundo Taraval.
La rebelión general de octubre de 1734 forzó al padre Taraval a abandonar la misión para refugiarse en la Isla Espíritu Santo. Durante 1748-1749 la misión de nuestra señora del Pilar tuvo que ser abandonada, el padre y todos sus indios fueron trasladados a la Misión de Todos Santos y desde entonces empezó a ser llamada Misión de Nuestra Señora del pilar.
La misión fue abandonada en 1840 debido a la falta de población; del templo original de la misión, algunos pobladores refieren que algunos restos de cimientos de piedra existen en el acceso al poblado de Todos Santos.
A mediados del siglo pasado, los misioneros dominicos construyeron el templo antiguo, que se encuentra enfrente de la plaza pública; adosado a este, en 1967 se construyó un nuevo templo
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Obras consultadas
- Del Rio, Ignacio. 1980. Todos santos una misión Californiana. La Paz, Universidad Autónoma de México, Gobierno del Estado de Baja California Sur, 7.
- Hinojosa, Salvador. 1986. La arquitectura misional en Baja California Sur. La Paz, Baja California Sur, Gobierno del estado de Baja California Sur, 109.
- Mathes, Michael. 1997. Las misiones de Baja California. La Paz Baja California Sur, Editorial Aristos, 101.