Fue fundada en abril de 1730 por el padre visitador José de Echeverría y el padre Nicolás Tamaral. El sitio de la misión se localiza a cincuenta kilómetros al sur de la misión de Santiago de los Coras en la costa del Golfo de California. Para 1735 la misión se trasladó a la playa, pero en ese mismo año fue restablecida al sitio original de San José, en donde actualmente se encuentra. Fue la misión por excelencia de los jesuitas y sede de los mismos.
Esta misión fue escenario de la rebelión indígena de 1734 y por causa de dicha rebelión el padre encargado Nicolás Tamaral murió. Además de esta situación, la misión sufrió dos tragedias más, en mayo de 1769 una epidemia de fiebre causó la muerte de la mayoría de la población indígena, así como la del padre Fray Juan Morán; para 1793 las grandes lluvias provocaron inundaciones que destruyeron la construcción de la misión, la cual fue reconstruida en 1799.
El 17 de febrero de 1822 un ataque del navío independencia al mando de insurgentes chilenos llegó a la misión, pero este fue rechazado.
Para 1918 el templo fue fuertemente dañado por un ciclón, pero a través del tiempo ha sido objeto de restauraciones, con las cuales la fachada exterior ha podido conservar su originalidad. Llama la atención por su belleza la puerta de acceso a la fachada principal, ya que en ella se puede observar un cuadro el cual está formado por mosaicos de color que representan una alegoría de cuando los indígenas martirizaron al Padre Tamaral.
Obras consultadas
- Hinojosa, Salvador. 1986. La arquitectura misional en Baja California Sur. La Paz, Baja California Sur, Gobierno del estado de Baja California Sur, 108.
- Mathes, Michael. 1997. Las misiones de Baja California. La Paz Baja California Sur, Editorial Aristos, 97.